Según la revista Fortune, sólo dos mujeres españolas tienen el privilegio de figurar entre las 50 ejecutivas más influyentes del planeta y una de ellas es Isabel Aguilera. Asimismo, según Financial Times, es una de las 25 mejores ejecutivas de Europa; y para El Mundo, una las 100 personas más influyentes de España en el año 2006. En definitiva, es una de las mujeres con mayor reconocimiento profesional del mundo.
Isabel Aguilera es además una trabajadora infatigable a la que uno de los periódicos económicos más importantes del mundo, The Wall Street Journal, incluyó entre las 30 empresarias más poderosas de Europa en 2001; y ha sido nombrada presidenta del Consejo Social de la Universidad de Sevilla. También es consejera independiente en varias cotizadas: la mexicana Cemex, las españolas Lar España (Socimi), Oryzon Genomics (epigenética), Clínica Baviera (propiedad en un 80% del grupo chino Aier), Making Science (publicidad digital), y el ente público Canal de Isabel II, multinacional especialista en gestión del agua.
Logró que la compañía informática Dell Computer, para la que trabajó desde 1997 a 2002, escalara en el mercado para convertirse en la primera empresa del sector con mayor volumen de negocios en España. Desde el año 2002 y hasta 2005, Isabel Aguilera fue directora general de Operaciones de NH Hoteles, donde implantó un modelo de negocio internacional para confirmar el desarrollo multinacional y su vocación de liderazgo europeo. Completó en un tiempo récord la integración de todos los modelos operacionales tras las adquisiciones de las compañías hoteleras mexicanas, holandesas y alemanas en un único modelo de operación NH. Diseñó y ejecutó un plan de ahorro y, como resultado de las sinergias conseguidas en la integración, superó ampliamente los objetivos establecidos.
Hasta enero de 2008, Isabel Aguilera completó la implantación de Google Iberia en España y culminó su labor ejecutiva como presidenta de General Electric para España y Portugal, convirtiéndose en la quinta mujer que dirigía una división territorial de esta compañía. Durante cuatro años (hasta 2008), fue consejera independiente de Laureate Education. Pertenece a los consejos asesores de Deusto y Omnicom PR Group y al Patronato de SM Ediciones.
Con anterioridad, Isabel Aguilera fue miembro independiente de los Consejos de Administración de Indra, Banco Marenostrum (BMN), Aegón ESPAÑA, Emergia Contact Center, Banco italiano Banca Farmafactoring, y de la empresa marroquí HPS (Hightech Payment Systems) de medios de pago. De igual modo, ha pertenecido a grupos de universidades privado, la americana Laureate Inc., así como de los consejos asesores de Oracle Iberia, la patronal Farmaindustria, Human Age Institute (parte de Manpower Group), y Pelayo Mutua de Seguros. Ha sido integrante del Consejo de APD, así como del Consejo Asesor Internacional del Instituto de Empresa.